''1940 yılında açılan Köy Enstitüleri kuruluşlarından itibaren çeşitli eleştirilere maruz kalmıştır. Enstitülerin kuruluş kanunu oylamasına çok sayıda milletvekilinin katılmaması bu okulların açılışına muhalefetin önemli bir oranda olduğunu göstermektedir. Köy Enstitüleri’ne yönelik muhalefet ve eleştiri, 1943 yılında toplanan II. Eğitim Şurası’nda iyice ayyuka çıkmıştır.
Köy Enstitüleri öğrenci ve mezunlarının sadece köylerden seçilmesi ve okulu bitirenlerin sadece köylerde çalışmasının toplumda köylü-şehirli ayrımını yol açması, enstitülerde “komünist ideolojiyi yansıtan bir eğitim öğretimin”yapılması, yatılı olan enstitülerde uygulanan karma eğitimin Türk aile ve ahlak anlayışına uymaması ve enstitü yapımında köylülerin çalıştırılması eleştirilerin temel dayanağıydı. 1946 yılında çok partili hayata geçişle birlikte Köy Enstitüleri’ne yönelik eleştiriler daha da arttı. Eleştirilerin başında şehir okullarının bakanlıkça finanse edilmesi, buna karşılık Köy Enstitüleri’nin köylülerin parasıyla veya parası yoksa fiili çalışmaları ile yapılmış olmasıydı. Köylülerin hem şehir okullarını vergileriyle finanse etmeleri hem de Köy
Enstitüleri’ni inşa etmeleri köylülerin muhalefetini doğurmuştu. Köy Enstitüleri’nin kitaplıklarında komünistlikle ilgili kitapların bulunduğu, öğretmen ve yöneticilerinin komünistliği aşıladıkları, vatan, mülkiyet, aile, din düşmanlığı yaptıkları, Sovyet eğitim sistemine benzedikleri gibi gerekçelerle kapatılmaları gündeme gelmiştir. 1946’da kurulan Recep Peker hükümeti, bu eleştirileri dikkate aldığı görülmektedir. İlk olarak dönemin eğitim bakanı Hasan Ali Yücel ile ilköğretim genel müdürü İsmail Hakkı Tonguç görevden alındı. Akabinde çıkarılan yasa ve yönetmeliklerle Köy Enstitüleri’nde büyük değişikliğe gidilerek enstitülerin eski önemini kaybetmesi sağlandı.1950’de Demokrat Parti’nin iktidara gelmesiyle birlikte enstitülerin bazı bölümleri kapatıldı ve enstitülerdeki karma eğitime son verildi. 27 Ocak 1954 tarihinde çıkarılan 6234 sayılı “Köy Enstitüleri ile İlk öğretmen Okullarının Birleştirilmesi Hakkında Kanun”la da
Köy Enstitüleri kapatılarak Köy Enstitüleri’nin adı İlköğretmen Okulu olarak değiştirildi.
Söz konusu kanunun kabul edilmesiyle, bir döneme damgasını vuran Köy Enstitüleri tarihteki yerini almış oluyordu. ''